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分子量約27kDaの円柱状のタンパク質で、光エネルギーを吸収し、蛍光を発する機能を持つ。
蛍光タンパク質は、遺伝子導入等で容易に生きた生物試料内に発現させられることから、分子生物学、細胞生物学、基礎医学など、様々な分野で、もっとも良く用いられる研究ツールのひとつとなっている。 1960年代に、下村脩博士により発見され、この功績により下村博士は2008年にノーベル化学賞を受賞した。