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従来のサンガー法を基にしたシーケンサーとは異なる原理に基づいた塩基配列解析装置で、数百から数億個の塩基配列データを並列に大量取得することができます。
多くの種類のシーケンサーが開発されている。
次世代シーケンサーとしては、イルミナ社のHiSeqやMiSeq、ライフテクノロジーズ社のIon PGMやIon Proton、パシフィック・バイオサイエンシズ社のPacBio RSIIなどがあります。