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1細胞由来の転写産物を増幅し、発現している遺伝子をマイクロアレイや次世代シークエンサーを用いて全ゲノムレベルで解析する手法。
従来の全遺伝子発現解析では数十万個以上の細胞数が必要であったが、近年の目覚ましい技術発展により単一細胞においても全遺伝子レベルで解析可能になった。 一言に単一細胞遺伝子発現解析法といっても様々な方法があり、SC3-seq は単一細胞遺伝子発現解析法の一種である。