観測したい遺伝子の発現(転写・翻訳を経て遺伝子がコードするタンパク質が生成すること)を追跡するために使用される遺伝子のこと。
蛍光タンパク質[2]や酵素をコードした遺伝子が使用される。
観測したい遺伝子の近くにレポーター遺伝子を導入しておくと、観測したい遺伝子が発現すると同時にレポーター遺伝子も発現し、酵素を発現する場合にはその活性を可視化する試薬を使用して観測したい遺伝子の発現量や発現するタイミングを観測することができる。
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